ระบบบัตรทองในพื้นที่กรุงเทพมหานคร กำลังอยู่ท่ามกลางความท้าทายรอบด้าน ทั้งจากความแตกต่างและซับซ้อนมากกว่าจังหวัดอื่น รวมไปถึงต้นทุนการให้บริการที่สูงกว่า และปัญหาจากคลินิกชุมชนอบอุ่นถอนตัว ขณะที่โรงพยาบาลขนาดใหญ่ต้องแบกต้นทุนการรักษาเพราะได้รับการเบิกจ่ายจาก สปสช. เพียงบางส่วน
